Όλες οι μονάδες είναι εξοπλισμένες με ένα φίλτρο. Ανάλογα με τον τύπο του συστήματος και τις ανάγκες του πελάτη, ο τύπος του φίλτρου μπορεί να διαφέρει. Η αποτελεσματικότητα του φίλτρου αέρα καλύπτει από την παγίδευση σκόνης και μικροχωματιδίων μέχρι γύρη, βακτήρια, ιούς και οσμές, ακόμη και μικρόβια και καπνό. Είναι απαραίτητο η αντικατάσταση των φίλτρων να γίνεται έγκαιρα. Όταν η αντικατάσταση του φίλτρου είναι πολύ καθυστερημένη, υπάρχει κίνδυνος τα υπερφορτωμένα φίλτρα να αρχίσουν να απελευθερώνουν βακτήρια αντί να τα παγιδεύουν.
